Второй скрипт который я вам указал рабочий. Вы не правильно его записали
Код
<li>
<a href="/index/14" onclick="window.open(this.href,'description','width=500,height=500,resizable=no, scrollbars=yes');return false;">
<a href="$PM_URL$" title="Прочитать сообщения"><span>Личные сообщения <?if($UNREAD_PM$)?><font color="green">(+ $UNREAD_PM$)</font><?endif?></span></a></a>
</li>
Ссылка в ссылке не может быть. А у вас почему то может