Второй скрипт который я вам указал рабочий. Вы не правильно его записали 
 Код
 <li> 
 <a href="/index/14" onclick="window.open(this.href,'description','width=500,height=500,resizable=no, scrollbars=yes');return false;"> 
 <a href="$PM_URL$" title="Прочитать сообщения"><span>Личные сообщения <?if($UNREAD_PM$)?><font color="green">(+ $UNREAD_PM$)</font><?endif?></span></a></a> 
 </li>
 Ссылка в ссылке не может быть. А у вас почему то может 